Jens Holmboe (født 1821 i Tromsø, død 1891) var en norsk embetsmann, statsråd og stortingsrepresentant.
Holmboe tok juridisk embetseksamen i 1845. Han var fogd og sorenskriver i Hammerfest fra 1856. Da Finmarkens amt blei delt i to (Finmarkens amt og Tromsø amt) i 1866, blei han amtmann i den nordlige delen, et embete han hadde fram til 1874.
Han blei valgt til stortingsrepresentant for Finnmarken i 1859, 1862 og 1868. I 1874 til 1884 var han statsråd med varierende poster (Justisdepartementet, Finansdepartementet, Kirke- og undervisningsdepartementet, Marinedepartementet), og han var også i perioder medlem av statsrådsavdelinga i Stockholm. Ved riksrettsaken i 1884 blei han fradømt statsrådsembetet. I 1886 blei han igjen innvalgt på Stortinget fra Finmarken. Han representerte da Høyre.
Han var seinere byfogd i Arendal og sorenskriver i Moss. I 1889 blei han på ny innvalgt på Stortinget, denne gangen fra Smaalenenes amt.
Jens Holmboe var sønnesønn av Jens Holmboe (1752 - 1804), som organiserte nyryddinga av Målselv og Bardu. Han var videre farfar til botanikeren Jens Holmboe (1880 - 1943).